Além da padronização interna de procedimentos e capacitação de recursos humanos buscando a melhoria da qualidade total nos serviços prestados, o Laboratório de Análises Clínicas Oswaldo Cruz possui desde 1999 a certificação do Sistema de Gerenciamento da Qualidade ISO 9001, conferida pela BSI - British Standards Institution / UKAS – United Kingdom Accreditation Service. Também participa de Programas de Controle de Qualidade Nacionais (Control Lab – Ensaios de Proficiência) e Internacionais (Programa Interlaboratorios de Control de Calidad – PICC - Espanha).