Aqui são realizados os exames para pesquisa de parasitas helmintos e protozoários principalmente em amostras de fezes. Os métodos utilizados são Kato-Katz, Hoffman, Baerman-Moraes, todos com modificações in-house e leitura em duplicata, que permitiram um incremento na sensibilidade de detecção de ovos, larvas e cistos de parasitas. O setor também realiza exames como Coprológico, Pesquisa de sangue oculto nas fezes, Pesquisa de Microsporídeos, etc.